位于新醫院住院主樓的東北方，有一棟銀灰色的8層大樓，這是第二住院樓，可以為傳染病、腫瘤患者提供良好的治療環境和優質的服務。
這棟樓又被稱為“國債樓”，是國家財政撥款2000萬元投資建設的國債項目。里面藥房、CT檢查室、B超檢查室、抽血化驗室、手術室、重癥監護室一應俱全，完全嚴格按照國家關于傳染病的建設規范標準建成，因此這棟樓還擔負著一項特殊使命，如果一旦再遇到類似“非典”等突發性傳染疾病，它們就變成一個小型的傳染病醫院，發揮其獨立的診療系統功能，并通過綠色樹林屏障與其他樓宇完全隔離，最大程度維護市民的生命健康。這棟樓安裝有5部電梯，兩部為病人使用，一部為醫務人員專用梯，一部貨梯，還有一部直接下到負二樓的污梯，專門負責運送污染用品等，實行潔污分流，杜絕了交叉污染。
一樓大廳寬敞明亮，這里設置了感染病科門診、核醫學門診（診治骨質疏松、甲亢等）。二樓、三樓為感染病區，有三條通道通往病房，其中中間一條有門的通道，為醫務人員專用通道，兩旁為病人通道。像這樣有三個通道的分流設置，在柳州還僅此一家。在病人通道旁設有一個護士工作站，專為接待新病人而設，在中間通道內還設置了一個護士工作站，處理日常護理工作。每間病房都與中間通道相通，并以緩沖間相隔。如果遇到嚴重的傳染疾病，醫務人員進入病房之前在這里再穿一件隔離衣，做好防護措施。緩沖間內還設置了與病房相通的傳遞窗，食品、藥品、物品等都從這個窗口遞入。平時，感染病區收治肝炎、腮腺炎、手足口病、麻疹、水痘等病患者，規范的住院環境及防護隔離更有利患者的治療和康復。
四樓至七樓為腫瘤科病區，這里環境寧靜、安詳。人性化的裝置隨處可見：床頭上方都設置有電源、氣源、呼叫器、對講器等設備；在天花板上安裝導軌輸液裝置，方便患者治療；有陪人椅，晚上拉出來可當床使用；設置床簾，可以擋住隱私；每間病房配備衛生間，內有感應式龍頭，并使用獨立空調，防止交叉感染。腫瘤科新購進了一套世界上最先進的放射治療系統，更讓病患在放療時多了一種選擇。
在第二住院樓的后面，是醫院的后庭大花園，是病友在康復休養時的休閑好去處。
